清华大学法学院教授王明远在《中国法学》2016年第1期撰文指出：由于环境公共利益的特殊属性，环境民事公益诉讼面临着科技性、民主性和道德风险等诸多潜在挑战。为了应对这些挑战，我国环境民事公益诉讼制度从两个方面对上述挑战进行了回应：一是突出强化了司法权，明确了司法机关在诸多参与者中的主导地位；二是要求行政机关配合司法机关，借用了行政机关的行政资源。这容易使司法权突破其职权范围，从而损害行政权和司法权之间的合理分工与权力平衡。

　　从行政法治发展的一般经验来看，在“夜警国家模式”到“福利国家模式”再到“风险社会模式”的过程中，行政权不断扩张以实现对公共利益的充分保护，而司法权则关注对行政权的有效控制，确保其不偏离维护公共利益的轨道，即大体上遵循“相互尊重专长”和“行政权优先”等原则。

　　现代环境公共事务十分复杂，需要以环境行政为主要应对手段，环境公共利益的保护须充分发挥行政权的专业性和司法权的监督作用，同时避免司法权对行政权造成不当干涉。在我国的司法实践中，需要进一步完善环境行政执法，并将环境行政公益诉讼作为环境公益诉讼制度的主要发展方向。